Вакцин бол аюулгүй. Практикт хэрэглэгдэх зөвшөөрөл өгөхөөс өмнө аливаа вакцины чанар, аюулгүй байдлыг нь туршилт шинжилгээний олон шат дамжлага дамжуулан нягтлан магадлаж, улмаар зах зээлд гарсных нь дараа ч гэсэн чанарын хяналтыг тогтмол давтамжтай хийдэг. Мөн түүнчлэн тухайн вакцинтай холбоотой гарсан аливаа урвал, гаж нөлөөг судлаачид олон төрлийн мэдээллийн эх үүсвэр ашиглан байнга хянаж байдаг. Вакцины урвалын дийлэнх нь тарьсан газар хөндүүрлэх, бага зэрэг халуурах зэрэг хөнгөн явцтай эсвэл түр зуурын шинжтэй байдаг. Маш ховор тохиолдолд ноцтой урвал илэрч болох бөгөөд энэ үед тухайн тохиолдлыг нэн даруй судлан шинжилдэг.
Вакцин тариулснаас үүдэх эрсдэл нь тухайн өвчнөөр өвдсөнөөс хамаагүй бага байдаг. Тухайлбал: халдварт саагийн вирүс нь саажилт үүсгэнэ, улаанбурхан өвчин бол энцефалит ба сохрол үүсгэнэ, тарилгатай халдварт зарим өвчнүүд үхэлд хүргэх хэмжээний аюултай. Вакцины шалтгаант өвчлөл, эндэгдэл ховор тохиолддог хэдий ч вакцинжуулалтын ач холбогдол нь эрсдэлтэйгээ харьцуулахад маш өчүүхэн бөгөөд вакцинаар сэргийлэх боломжгүй олон өвчин эмгэг, үхэл эндэгдэлд хүн төрөлхтөн нэрвэгдсээр байгаа билээ.